Schon in jungen Jahren kreisten Friedrich Heinrich Jacobis Gedanken um religiöse und philosophische Themen. Die kaufmännische Lehre behagte ihm gar nicht, sodass sein Vater schließlich einem Studienaufenthalt in Genf von 1759 – 1761 zustimmte (Wirtschaftstheorie und Philosophie). Diese Jahre waren wesentlich für seine persönliche und berufliche Entwicklung. Er lernte dort Voltaire und Rousseau kennen, deren Einfluss und die damit verbundene intensive Beschäftigung mit Themen der Aufklärung und der Philosophie Jacobi sehr prägte.
Die Eheschließung mit der adeligen Betty von Clermont, Tochter eines Tuchfabrikanten, führte dazu, dass er von 1764 -1772 die lange abgelehnte Leitung der väterlichen Manufakturhandlung übernahm. Zu seiner freigeistigen Einstellung passte, dass er 1765 Freimaurer und Schatzmeister der damaligen einflussreichen Loge „La Parfaite Amitié“ in Düsseldorf wurde. 1772 folgte Jacobi einer Berufung der Kurfürsten von der Pfalz zum Hofkammerrat der Herzogtümer Jülich - Berg. Er sollte das Zoll- und Handelswesen reformieren, was ihn bis 1779 forderte. Eine der Grundlagen für die sehr erfolgreiche Neuordnung war die schon damals als fortschrittlich anerkannte liberale Freihandelslehre des britischen Volkswirtschaftlers Adam Smith!
Dieser Erfolg führte 1779 in München zur Bestellung als Ministerialreferent und Geheimrat. Das gesamte pfalzbayerische Zoll- und Handelswesen sollte reformiert werden! Hier fiel er aber mit seinen liberalen Ansätzen und Publikationen schnell in Ungnade. Jacobi zog sich schon nach 1 Jahr zurück, spielte aber eine große Rolle bei der Abschaffung der Leibeigenschaft in Bayern!